Primena seroloških metoda, multipleks lančane reakcije polimeraze i sekvenciranja gena za 16S ribozomalnu RNK i identifikaciji serovarijeteta vrste Salmonella enterica podvrste enterica
Application of serotyping, multiplex polymerase chain reaction and sequencing of the gene for 16S ribosomal RNA in identification of serovars of Salmonella enterica subspecies enterica
Autori
Kiškarolj, FerencOstala autorstva
Mišić, DušanŠenerović, Lidija
Radojičić, Sonja
Radojičić, Marina
Milanov, Dubravka
Doktorska teza
Metapodaci
Prikaz svih podataka o dokumentuApstrakt
U ovoj doktorskoj disertaciji je ispitana mogućnost primene simpleks imultipleks PCR protokola sa prethodno opisanim prajmerima za preciznuidentifikaciju najčešće izolovanih serovarijeteta Salmonella vrsta na teritorijiVojvodine. Takođe je ispitana efikasnost primene metode sekvenciranja gena za16Ѕ rRNK u preciznoj identifikaciji salmonela. Ispitano je 107 izolata Salmonellaenterica ssp. enterica identifikovanih klasičnom serotipizacijom kao: Infantis(52), Enteritidis (33), Tenessee (5), Mbandaka (4), Montevideo (3), Havana (2),Lille (2), Senftenberg (2), Typhimurium (1), Agona (1), Derby (1) i Livingstone(1). Korišćena je tripleks PCR reakcija u detekciji bcfC, steB i sdf lokusa,optimizovana tokom preliminarnih ispitivanja. Primenom tripleks PCR, samoS. Enteritidis je mogla precizno da bude razlikovana od drugih serovarijeteta,dok su ostali serovarijeteti na osnovu rezultata tripleks PCR svrstavani u dvegrupe (Grupa 1 i Grupa2). S. Infantis, najzastupljeniji serovarijetet međuispitani...m izolatima nije mogao biti precizno identifikovan jer se primenomtripleks PCR nije razlikovao od ostalih članova Grupe 2. Za njegovu konačnuidentifikaciju je primenjen simpleks PCR za umnožavanje segmenta fljB koji jekarakterističan samo za S. Infantis. Sekvenciranje gena za 16Ѕ rRNK jeprimenjeno u identifikaciji izolata devet različitih serovarijeteta. Poredjenjemrezultata dobijenih u klasičnoj serotipizaciji i u PCR, uočeno je slaganje u 91slučaju od ukupno 107 (85%). Od 33 izolata S. Enteritidis njih 31 (94%) je daoočekivan PCR profil. U slučaju S. Infantis PCR je potvrdila identifikaciju u samo75% (39 od 52) slučajeva. Ostali ispitani serovarijeteti dali su očekivane PCRprofile. Sekvenciranje gena za 16Ѕ rRNK je bilo pouzdano samo u određivanjupripadnosti ispitanih izolata rodu Salmonella.
Aim of this doctoral thesis was to test the applicability of published primersfor the identification of serovars isolated most frequently in the north part ofour country using multiplex and simplex PCR reactions. The efficacy ofsequencing of gene for 16S ribosomal RNA for identification of Salmonellastrains was also checked.The study was conducted on 107 serotyped Salmonella enterica ssp. entericaisolates. Strains belonged to the following serovars: Infantis (52), Enteritidis(33), Tenessee (5), Mbandaka (4), Montevideo (3), Havana (2), Lille (2),Senftenberg (2), Typhimurium (1), Agona (1), Derby (1) i Livingstone (1).A triplex PCR protocol (bcfC, steB, sdf) optimized during preliminaryinvestigations was used. This reaction separated S. Enteritidis from otherstrains, while the remaining serovars divided in two distinct groups (Group 1and Group 2). As the used PCR protocol could not differentiate S. Infantis, themost numerous serovar among isolates, from other members of the Group 2, its...identification was completed using a simplex PCR reactiontargeting fljB specific for S. Infantis.Comparison of the results of serotyping and PCR protocols revealed aconcordance in 91 cases from the total of 107 (85%). From 33 strains serotypedas S. Enteritidis 31 (94%) had the predicted PCR profile. Regarding S. Infantis,identification based on genomic markers confirmed this serovar only in 75% ofcases (39 from 52). Other serovars showed their typical PCR profiles.Sequencing of gene for 16S ribosomal RNA could reliably determine onlythat tested isolates are the members of the genus Salmonella
Ključne reči:
Salmonela enterica / Salmonela enterica / serovar / serotyping / multiplex PCR / sequencing of gene for 16S rRNA / serovarijetet / serotipizacija / multipleks PCR / sekvenciranje gena za 16S rRNKIzvor:
Универзитет у Београду, 2019Izdavač:
- Универзитет у Београду, Факултет ветеринарске медицине
URI
http://eteze.bg.ac.rs/application/showtheses?thesesId=7293https://nardus.mpn.gov.rs/handle/123456789/12117
https://fedorabg.bg.ac.rs/fedora/get/o:21070/bdef:Content/download
http://vbs.rs/scripts/cobiss?command=DISPLAY&base=70036&RID=51827727
https://vet-erinar.vet.bg.ac.rs/handle/123456789/3941
Kolekcije
Institucija/grupa
Fakultet veterinarske medicineTY - THES AU - Kiškarolj, Ferenc PY - 2019 UR - http://eteze.bg.ac.rs/application/showtheses?thesesId=7293 UR - https://nardus.mpn.gov.rs/handle/123456789/12117 UR - https://fedorabg.bg.ac.rs/fedora/get/o:21070/bdef:Content/download UR - http://vbs.rs/scripts/cobiss?command=DISPLAY&base=70036&RID=51827727 UR - https://vet-erinar.vet.bg.ac.rs/handle/123456789/3941 AB - U ovoj doktorskoj disertaciji je ispitana mogućnost primene simpleks imultipleks PCR protokola sa prethodno opisanim prajmerima za preciznuidentifikaciju najčešće izolovanih serovarijeteta Salmonella vrsta na teritorijiVojvodine. Takođe je ispitana efikasnost primene metode sekvenciranja gena za16Ѕ rRNK u preciznoj identifikaciji salmonela. Ispitano je 107 izolata Salmonellaenterica ssp. enterica identifikovanih klasičnom serotipizacijom kao: Infantis(52), Enteritidis (33), Tenessee (5), Mbandaka (4), Montevideo (3), Havana (2),Lille (2), Senftenberg (2), Typhimurium (1), Agona (1), Derby (1) i Livingstone(1). Korišćena je tripleks PCR reakcija u detekciji bcfC, steB i sdf lokusa,optimizovana tokom preliminarnih ispitivanja. Primenom tripleks PCR, samoS. Enteritidis je mogla precizno da bude razlikovana od drugih serovarijeteta,dok su ostali serovarijeteti na osnovu rezultata tripleks PCR svrstavani u dvegrupe (Grupa 1 i Grupa2). S. Infantis, najzastupljeniji serovarijetet međuispitanim izolatima nije mogao biti precizno identifikovan jer se primenomtripleks PCR nije razlikovao od ostalih članova Grupe 2. Za njegovu konačnuidentifikaciju je primenjen simpleks PCR za umnožavanje segmenta fljB koji jekarakterističan samo za S. Infantis. Sekvenciranje gena za 16Ѕ rRNK jeprimenjeno u identifikaciji izolata devet različitih serovarijeteta. Poredjenjemrezultata dobijenih u klasičnoj serotipizaciji i u PCR, uočeno je slaganje u 91slučaju od ukupno 107 (85%). Od 33 izolata S. Enteritidis njih 31 (94%) je daoočekivan PCR profil. U slučaju S. Infantis PCR je potvrdila identifikaciju u samo75% (39 od 52) slučajeva. Ostali ispitani serovarijeteti dali su očekivane PCRprofile. Sekvenciranje gena za 16Ѕ rRNK je bilo pouzdano samo u određivanjupripadnosti ispitanih izolata rodu Salmonella. AB - Aim of this doctoral thesis was to test the applicability of published primersfor the identification of serovars isolated most frequently in the north part ofour country using multiplex and simplex PCR reactions. The efficacy ofsequencing of gene for 16S ribosomal RNA for identification of Salmonellastrains was also checked.The study was conducted on 107 serotyped Salmonella enterica ssp. entericaisolates. Strains belonged to the following serovars: Infantis (52), Enteritidis(33), Tenessee (5), Mbandaka (4), Montevideo (3), Havana (2), Lille (2),Senftenberg (2), Typhimurium (1), Agona (1), Derby (1) i Livingstone (1).A triplex PCR protocol (bcfC, steB, sdf) optimized during preliminaryinvestigations was used. This reaction separated S. Enteritidis from otherstrains, while the remaining serovars divided in two distinct groups (Group 1and Group 2). As the used PCR protocol could not differentiate S. Infantis, themost numerous serovar among isolates, from other members of the Group 2, itsidentification was completed using a simplex PCR reactiontargeting fljB specific for S. Infantis.Comparison of the results of serotyping and PCR protocols revealed aconcordance in 91 cases from the total of 107 (85%). From 33 strains serotypedas S. Enteritidis 31 (94%) had the predicted PCR profile. Regarding S. Infantis,identification based on genomic markers confirmed this serovar only in 75% ofcases (39 from 52). Other serovars showed their typical PCR profiles.Sequencing of gene for 16S ribosomal RNA could reliably determine onlythat tested isolates are the members of the genus Salmonella PB - Универзитет у Београду, Факултет ветеринарске медицине T2 - Универзитет у Београду T1 - Primena seroloških metoda, multipleks lančane reakcije polimeraze i sekvenciranja gena za 16S ribozomalnu RNK i identifikaciji serovarijeteta vrste Salmonella enterica podvrste enterica UR - https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_nardus_12117 ER -
@phdthesis{ author = "Kiškarolj, Ferenc", year = "2019", abstract = "U ovoj doktorskoj disertaciji je ispitana mogućnost primene simpleks imultipleks PCR protokola sa prethodno opisanim prajmerima za preciznuidentifikaciju najčešće izolovanih serovarijeteta Salmonella vrsta na teritorijiVojvodine. Takođe je ispitana efikasnost primene metode sekvenciranja gena za16Ѕ rRNK u preciznoj identifikaciji salmonela. Ispitano je 107 izolata Salmonellaenterica ssp. enterica identifikovanih klasičnom serotipizacijom kao: Infantis(52), Enteritidis (33), Tenessee (5), Mbandaka (4), Montevideo (3), Havana (2),Lille (2), Senftenberg (2), Typhimurium (1), Agona (1), Derby (1) i Livingstone(1). Korišćena je tripleks PCR reakcija u detekciji bcfC, steB i sdf lokusa,optimizovana tokom preliminarnih ispitivanja. Primenom tripleks PCR, samoS. Enteritidis je mogla precizno da bude razlikovana od drugih serovarijeteta,dok su ostali serovarijeteti na osnovu rezultata tripleks PCR svrstavani u dvegrupe (Grupa 1 i Grupa2). S. Infantis, najzastupljeniji serovarijetet međuispitanim izolatima nije mogao biti precizno identifikovan jer se primenomtripleks PCR nije razlikovao od ostalih članova Grupe 2. Za njegovu konačnuidentifikaciju je primenjen simpleks PCR za umnožavanje segmenta fljB koji jekarakterističan samo za S. Infantis. Sekvenciranje gena za 16Ѕ rRNK jeprimenjeno u identifikaciji izolata devet različitih serovarijeteta. Poredjenjemrezultata dobijenih u klasičnoj serotipizaciji i u PCR, uočeno je slaganje u 91slučaju od ukupno 107 (85%). Od 33 izolata S. Enteritidis njih 31 (94%) je daoočekivan PCR profil. U slučaju S. Infantis PCR je potvrdila identifikaciju u samo75% (39 od 52) slučajeva. Ostali ispitani serovarijeteti dali su očekivane PCRprofile. Sekvenciranje gena za 16Ѕ rRNK je bilo pouzdano samo u određivanjupripadnosti ispitanih izolata rodu Salmonella., Aim of this doctoral thesis was to test the applicability of published primersfor the identification of serovars isolated most frequently in the north part ofour country using multiplex and simplex PCR reactions. The efficacy ofsequencing of gene for 16S ribosomal RNA for identification of Salmonellastrains was also checked.The study was conducted on 107 serotyped Salmonella enterica ssp. entericaisolates. Strains belonged to the following serovars: Infantis (52), Enteritidis(33), Tenessee (5), Mbandaka (4), Montevideo (3), Havana (2), Lille (2),Senftenberg (2), Typhimurium (1), Agona (1), Derby (1) i Livingstone (1).A triplex PCR protocol (bcfC, steB, sdf) optimized during preliminaryinvestigations was used. This reaction separated S. Enteritidis from otherstrains, while the remaining serovars divided in two distinct groups (Group 1and Group 2). As the used PCR protocol could not differentiate S. Infantis, themost numerous serovar among isolates, from other members of the Group 2, itsidentification was completed using a simplex PCR reactiontargeting fljB specific for S. Infantis.Comparison of the results of serotyping and PCR protocols revealed aconcordance in 91 cases from the total of 107 (85%). From 33 strains serotypedas S. Enteritidis 31 (94%) had the predicted PCR profile. Regarding S. Infantis,identification based on genomic markers confirmed this serovar only in 75% ofcases (39 from 52). Other serovars showed their typical PCR profiles.Sequencing of gene for 16S ribosomal RNA could reliably determine onlythat tested isolates are the members of the genus Salmonella", publisher = "Универзитет у Београду, Факултет ветеринарске медицине", journal = "Универзитет у Београду", title = "Primena seroloških metoda, multipleks lančane reakcije polimeraze i sekvenciranja gena za 16S ribozomalnu RNK i identifikaciji serovarijeteta vrste Salmonella enterica podvrste enterica", url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_nardus_12117" }
Kiškarolj, F.. (2019). Primena seroloških metoda, multipleks lančane reakcije polimeraze i sekvenciranja gena za 16S ribozomalnu RNK i identifikaciji serovarijeteta vrste Salmonella enterica podvrste enterica. in Универзитет у Београду Универзитет у Београду, Факултет ветеринарске медицине.. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_nardus_12117
Kiškarolj F. Primena seroloških metoda, multipleks lančane reakcije polimeraze i sekvenciranja gena za 16S ribozomalnu RNK i identifikaciji serovarijeteta vrste Salmonella enterica podvrste enterica. in Универзитет у Београду. 2019;. https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_nardus_12117 .
Kiškarolj, Ferenc, "Primena seroloških metoda, multipleks lančane reakcije polimeraze i sekvenciranja gena za 16S ribozomalnu RNK i identifikaciji serovarijeteta vrste Salmonella enterica podvrste enterica" in Универзитет у Београду (2019), https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_nardus_12117 .